生質柴油對柴油引擎而言是一種乾淨的燃料，可利用再生的資源（例如植物油、動物油脂以及回收後的食用油、有機氣體，如沼氣、CO等）煉製而成。 生質柴油可百分之百的作為純燃油或者和石化柴油混合使用於柴油引擎。當生質柴油被用於柴油引擎時，其物理及化學特性和石化柴油相似。
生質柴油及生質混合柴油被利用的最大因素是他可以同時滿足能源需求、環保及可安全使用的三大課題，而不需要犧牲使用效益。生質柴油有許多很好的特性，但是到目前為止，汽車業者最重視的特性就是生質柴油和傳統柴油的使用效益近似，而且不需要改變設備及維修程序。茲將生質柴油及生質混合柴油的其他特性詳述如下：
比較生質柴油及一般柴油在清水中的生物分解特性，結果顯示生質柴油約有95%可以在28天內完成分解，而一般柴油則在28天以後只能分解40%。另外，將生質柴油和一般柴油混合會加速分解效果。例如:20%的生質柴油和80%的一般柴油混合後，分解速度是2號柴油的二倍。因此生質柴油具有非常優越的生物可分解性。
純生質柴油的閃火點超過攝氏100℃，而一般石化柴油的閃火點則在攝氏50~80℃。若將生質柴油混合一般石化柴油其閃火點將隨著純生質柴油的增加而升高。因此純生質柴油及生質混合柴油在貯存、管理及使用上比傳統石化柴油較安全。
由威爾實驗室(Wil Research Laboratories, Inc.)所主導的測試曾以單劑的純生質柴油和及B20(20%vol的生質柴油和80%vol的石化柴油混合)對老鼠進行品服毒性的研究，結果發現：純生質柴油及B20超過5000mg/kg為醫學上致命的劑量(LD50)。再以Daphnia Magma來做水生動物毒性測試，分別比較食用鹽、石化柴油及生質柴油的致毒性，食用鹽的LC50數值(50%的Daphnia Magma死亡；另外50%存活的濃度)是3.7ppm，石化柴油是1.43ppm，而生質柴油介於23~332ppm，由此可知，生質柴油的毒性遠低於石化柴油。
由於美國環保局(EPA)要求使用低硫柴油(含硫量限制在0.05重量百分比)，使得汽車使用開始面臨了噴射泵浦的過時或不適用。泵浦的製造商開始建議使用附加的潤滑油以減輕因低硫柴油所造成的噴射泵浦損傷。經西南研究院及Stanadyne汽車所作引擎測試的實驗顯示：只要在傳統柴油中加入少量的酯化生質柴油(低於1%)，即可達到顯著的潤滑性改善效果。
使用生質柴油可減少懸浮性碳粒的形成(因為生質柴油中所含的氧可以促進完全燃燒而生成CO2，碳氫化合物及一氧化碳的排放量都明顯的減少)，此外即使懸浮微粒中所含可溶性有機懸浮物或碳氫化合物不變或增加時，使用生質柴油還可以避免硫酸鹽的產生(因為燃炓中未含硫)除了降低污染物及碳的排放量，生質柴油對人體健康的危害低於石化柴油。柴油的排放物中的多環芳香族碳氫化合物(PAH)及硝基多環芳香族碳氫化合物一直被視為潛在的致癌物，和石化柴油比較，生質柴油的使用可減少75~85%的PAH，約50%的苯基及90%的nPAH之硝基三氯甲烷及硝基烷，只剩微量的nPAH。所有的減量效果都是因為生質柴油不含芳香族化合物。對於NOX也達到減量效果(甲基酯生質柴油除外)。此外，各種生質柴油的碳氫化合物和石化柴油相較可降低近50%，而伴隨的臭氧亦隨之同量降低。
一般而言石化柴油的貯存及管理方法均可適用於生質柴油。燃油應該被貯存在乾淨、乾燥、陰暗的環境，且避免極端的溫度。貯存油槽的材質包括不銹鋼、聚氯化乙烯、聚氯化丙烯等。生質柴油有溶解的效果，使得在油槽及管路上常有沈澱物而阻塞過濾器，故應該採取必要的預防措施。
